Guilad Shalit a été enlevé le 25 juin 2006 par des groupes armés palestiniens, lors d’une attaque menée sur une base de l’armée située du côté israélien de la clôture séparant la bande de Gaza d’Israël.
C'est le 25 juin 2006 que Guilad est kidnappé par un commando palestinien à Kerem Shalom. Son enlèvement est revendiqué par plusieurs groupuscules islamistes terroristes : les Brigades Ezzedine Al-Qassam, les Comités de résistance populaire (CRP) et un groupe inconnu se faisant appeler l’« Armée de l’islam ». Leur intention est d’échanger Guilat Shalit contre des prisonniers palestiniens détenus en Israël.
Mais Ehoud Olmert refuse toute négociation et décide de lancer, le 28 juin 2006, une opération, appelée 'Opération Pluies d’été' pour tenter de le libérer. Mais elle échouera.
Le 11 octobre 2011,le cabinet israélien, grâce à la médiation égyptienne, approuve cette fois un échange de1 000 prisonniers palestiniens pour la libération de Guilad . Malgré l'opposition de 3 ministres israéliens de l'époque, Israël publie, le 16 octobre 2011, la liste des 477 premiers prisonniers qui seront libérés le 18 octobre. Parmi eux figurent plus de 280 condamnés à perpétuité pour des crimes de sang, et notamment pour leur participation à des attentats meurtriers, ce qui a déclenché un vif émoi en Israël.
Guilad sera finalement libéré le 18 octobre 2011.. Environ 500 autres prisonniers palestiniens sont libérés ce même jour.
Étant détenteur de la double nationalité française et israélienne, il faisait partie des 8 otages français retenus dans le monde. L’organisation terroriste du Hamas qui le retenait en otage n’a jamais autorisé la Croix Rouge à lui rendre visite. Il a été libéré et rapatrié en Israël le 18 octobre 2011 au cours de l’Opération « Rachat du Premier-né », après avoir été l’otage du Hamas pendant plus de cinq ans.